Double flank
double_flank.RdDouble flank
double_flank( gr, upstart = -200, upend = -1, downstart = 1, downend = 200, strandaware = TRUE, plot = FALSE, linetype_var = "set", ... )
Arguments
| gr | |
|---|---|
| upstart | upstream flank start in relation to start(gr) |
| upend | upstream flank end in relation to start(gr) |
| downstart | downstream flank start in relation to end(gr) |
| downend | downstream flank end in relation to end(gr) |
| strandaware | TRUE (default) or FALSE |
| plot | TRUE or FALSE (default) |
| linetype_var | gr var mapped to linetype |
| ... | passed to plot_intervals |
Value
Examples
# Prime Editing example #---------------------- require(magrittr) bsgenome <- BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38::BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 gr <- char_to_granges(c(PRNP = 'chr20:4699600:+', # snp HBB = 'chr11:5227002:-', # snp HEXA = 'chr15:72346580-72346583:-', # del CFTR = 'chr7:117559593-117559595:+'), # ins bsgenome) double_flank(gr, -10, -1, +1, +20, plot = TRUE)#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#>#> GRanges object with 8 ranges and 3 metadata columns: #> seqnames ranges strand | targetname targetstart #> <Rle> <IRanges> <Rle> | <character> <integer> #> PRNP_u chr20 4699590-4699599 + | PRNP 4699600 #> HBB_u chr11 5227003-5227012 - | HBB 5227002 #> HEXA_u chr15 72346584-72346593 - | HEXA 72346580 #> CFTR_u chr7 117559583-117559592 + | CFTR 117559593 #> PRNP_d chr20 4699601-4699620 + | PRNP 4699600 #> HBB_d chr11 5226982-5227001 - | HBB 5227002 #> HEXA_d chr15 72346560-72346579 - | HEXA 72346580 #> CFTR_d chr7 117559596-117559615 + | CFTR 117559593 #> targetend #> <integer> #> PRNP_u 4699600 #> HBB_u 5227002 #> HEXA_u 72346583 #> CFTR_u 117559595 #> PRNP_d 4699600 #> HBB_d 5227002 #> HEXA_d 72346583 #> CFTR_d 117559595 #> ------- #> seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome# TFBS example #------------- bedfile <- system.file('extdata/SRF.bed', package='multicrispr') gr <- bed_to_granges(bedfile, genome = 'mm10', plot = FALSE)#>#>double_flank(gr, plot = TRUE)#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9#>#> GRanges object with 3948 ranges and 5 metadata columns: #> seqnames ranges strand | name #> <Rle> <IRanges> <Rle> | <character> #> chr1:4712628-4712643:-_u chr1 4712644-4712843 - | SRF_MA0083.3 #> chr1:5250212-5250227:-_u chr1 5250228-5250427 - | SRF_MA0083.3 #> chr1:5250452-5250467:-_u chr1 5250468-5250667 - | SRF_MA0083.3 #> chr1:5256193-5256208:-_u chr1 5256209-5256408 - | SRF_MA0083.3 #> chr1:5985728-5985743:-_u chr1 5985744-5985943 - | SRF_MA0083.3 #> ... ... ... ... . ... #> chrY:6770312-6770327:+_d chrY 6770328-6770527 + | SRF_MA0083.3 #> chrY:23130568-23130583:+_d chrY 23130584-23130783 + | SRF_MA0083.3 #> chrY:42512400-42512415:-_d chrY 42512200-42512399 - | SRF_MA0083.3 #> chrY:79048176-79048191:-_d chrY 79047976-79048175 - | SRF_MA0083.3 #> chrY:89126494-89126509:-_d chrY 89126294-89126493 - | SRF_MA0083.3 #> score targetname targetstart #> <numeric> <character> <integer> #> chr1:4712628-4712643:-_u 10.49542 chr1:4712628-4712643:- 4712628 #> chr1:5250212-5250227:-_u 9.73780 chr1:5250212-5250227:- 5250212 #> chr1:5250452-5250467:-_u 5.92033 chr1:5250452-5250467:- 5250452 #> chr1:5256193-5256208:-_u 9.73780 chr1:5256193-5256208:- 5256193 #> chr1:5985728-5985743:-_u 9.44821 chr1:5985728-5985743:- 5985728 #> ... ... ... ... #> chrY:6770312-6770327:+_d 9.73780 chrY:6770312-6770327:+ 6770312 #> chrY:23130568-23130583:+_d 9.73780 chrY:23130568-23130583:+ 23130568 #> chrY:42512400-42512415:-_d 6.59053 chrY:42512400-42512415:- 42512400 #> chrY:79048176-79048191:-_d 9.73780 chrY:79048176-79048191:- 79048176 #> chrY:89126494-89126509:-_d 4.54393 chrY:89126494-89126509:- 89126494 #> targetend #> <integer> #> chr1:4712628-4712643:-_u 4712643 #> chr1:5250212-5250227:-_u 5250227 #> chr1:5250452-5250467:-_u 5250467 #> chr1:5256193-5256208:-_u 5256208 #> chr1:5985728-5985743:-_u 5985743 #> ... ... #> chrY:6770312-6770327:+_d 6770327 #> chrY:23130568-23130583:+_d 23130583 #> chrY:42512400-42512415:-_d 42512415 #> chrY:79048176-79048191:-_d 79048191 #> chrY:89126494-89126509:-_d 89126509 #> ------- #> seqinfo: 66 sequences (1 circular) from mm10 genome
