Extend or Flank GRanges — up_flank • multicrispr

Returns extensions, upstream flanks, or downstream flanks

up_flank(
  gr,
  start = -200,
  end = -1,
  strandaware = TRUE,
  bsgenome = NULL,
  verbose = FALSE,
  plot = FALSE,
  linetype_var = "set",
  ...
)

down_flank(
  gr,
  start = 1,
  end = 200,
  strandaware = TRUE,
  bsgenome = NULL,
  verbose = FALSE,
  plot = FALSE,
  linetype_var = "set",
  ...
)

extend(
  gr,
  start = -22,
  end = 22,
  strandaware = TRUE,
  bsgenome = NULL,
  verbose = FALSE,
  plot = FALSE,
  linetype_var = "set",
  ...
)

Arguments

gr	`GRanges-class`
start	number or vector (same length as gr): start definition, relative to gr start (up_flank, extend) or gr end (down_flank).
end	number or vector (same length as gr): end definition, relative to gr start (up_flank) or gr end (extend, down_flank).
strandaware	TRUE (default) or FALSE: consider strand information?
bsgenome	NULL (default) or `BSgenome-class`. Required to update gr$seq if present.
verbose	TRUE or FALSE (default)
plot	TRUE or FALSE (default)
linetype_var	string: gr var mapped to linetype
...	passed to `plot_intervals`

Value

a GRanges-class

Details

up_flank returns upstream flanks, in relation to start(gr). down_flank returns downstream flanks, in relation to end(gr). extend returns extensions, in relation to start(gr) and end(gr)

Examples

# PE example
#-----------
require(magrittr)
bsgenome <- BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38::BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38
gr <- char_to_granges(c(PRNP  = 'chr20:4699600:+',         # snp
                         HBB  = 'chr11:5227002:-',            # snp
                         HEXA = 'chr15:72346580-72346583:-',  # del
                         CFTR = 'chr7:117559593-117559595:+'),# ins
                      bsgenome = bsgenome)
gr %>% up_flank( -22,  -1, plot=TRUE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699578-4699599      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5227003-5227024      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346584-72346605      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559571-117559592      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome
gr %>% up_flank( c(-10,-20,-30,-40),  -1, plot=TRUE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699590-4699599      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5227003-5227022      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346584-72346613      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559553-117559592      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome
gr %>% up_flank( -22,  -1, plot=TRUE, strandaware=FALSE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699578-4699599      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5226980-5227001      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346558-72346579      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559571-117559592      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome

gr %>% down_flank(+1, +22, plot=TRUE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699601-4699622      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5226980-5227001      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346558-72346579      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559596-117559617      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome
gr %>% down_flank(+1, c(10, 20, 30, 40), plot=TRUE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699601-4699610      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5226982-5227001      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346550-72346579      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559596-117559635      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome
gr %>% down_flank(+1, +22, plot=TRUE, strandaware=FALSE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699601-4699622      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5227003-5227024      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346584-72346605      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559596-117559617      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome

gr %>% extend(   -10, +20, plot=TRUE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699590-4699620      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5226982-5227012      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346560-72346593      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559583-117559615      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome
gr %>% extend(   -10, +20, plot=TRUE, strandaware=FALSE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 4 ranges and 3 metadata columns:
#>        seqnames              ranges strand |  targetname targetstart targetend
#>           <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <character>   <integer> <integer>
#>   PRNP    chr20     4699590-4699620      + |        PRNP     4699600   4699600
#>    HBB    chr11     5226992-5227022      - |         HBB     5227002   5227002
#>   HEXA    chr15   72346570-72346603      - |        HEXA    72346580  72346583
#>   CFTR     chr7 117559583-117559615      + |        CFTR   117559593 117559595
#>   -------
#>   seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome

# TFBS example
#-------------
    bedfile <- system.file('extdata/SRF.bed', package='multicrispr')
    gr <- bed_to_granges(bedfile, genome = 'mm10')
#> 	Read SRF.bed into GRanges
#> 		1974 ranges on 21 chromosomes
    gr %>% extend(plot = TRUE)
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> Warning: Zeichenbreite unbekannt für das Zeichen 0x9
#> GRanges object with 1974 ranges and 5 metadata columns:
#>                            seqnames            ranges strand |         name
#>                               <Rle>         <IRanges>  <Rle> |  <character>
#>     chr1:4712628-4712643:-     chr1   4712606-4712665      - | SRF_MA0083.3
#>     chr1:5250212-5250227:-     chr1   5250190-5250249      - | SRF_MA0083.3
#>     chr1:5250452-5250467:-     chr1   5250430-5250489      - | SRF_MA0083.3
#>     chr1:5256193-5256208:-     chr1   5256171-5256230      - | SRF_MA0083.3
#>     chr1:5985728-5985743:-     chr1   5985706-5985765      - | SRF_MA0083.3
#>                        ...      ...               ...    ... .          ...
#>     chrY:6770312-6770327:+     chrY   6770290-6770349      + | SRF_MA0083.3
#>   chrY:23130568-23130583:+     chrY 23130546-23130605      + | SRF_MA0083.3
#>   chrY:42512400-42512415:-     chrY 42512378-42512437      - | SRF_MA0083.3
#>   chrY:79048176-79048191:-     chrY 79048154-79048213      - | SRF_MA0083.3
#>   chrY:89126494-89126509:-     chrY 89126472-89126531      - | SRF_MA0083.3
#>                                score               targetname targetstart
#>                            <numeric>              <character>   <integer>
#>     chr1:4712628-4712643:-  10.49542   chr1:4712628-4712643:-     4712628
#>     chr1:5250212-5250227:-   9.73780   chr1:5250212-5250227:-     5250212
#>     chr1:5250452-5250467:-   5.92033   chr1:5250452-5250467:-     5250452
#>     chr1:5256193-5256208:-   9.73780   chr1:5256193-5256208:-     5256193
#>     chr1:5985728-5985743:-   9.44821   chr1:5985728-5985743:-     5985728
#>                        ...       ...                      ...         ...
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